Nguyên xưa, xã Thanh Nê thuộc tổng An Bồi, huyện Trực Định, phủ Kiến Xương, gồm 4 thôn: thôn La, thôn Đoài, thôn Trung, thôn Đông.[5] Nhân vật nổi tiếng nhất của xã là Tiến sĩ Trương Đăng Quỹ, đỗ năm 1776, từng giữ chức Hàn lâm viện thị chế, giám sát Ngự sử nhiều sứ, Hiến sát sứ Kinh Bắc, Đốc thị Nghệ An, Tham chính sứ Thanh Hoá,... nhà Lê Trịnh.[6]

Tháng 10 năm 1947, xã Thanh Nê cùng với xã An Bồi lập thành liên xã lấy tên xã Tán Thuật.[5] Tên xã mới đặt theo tên Tán tương quân vụ Nguyễn Thiện Thuật, lãnh tụ cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy, một trong các cuộc khởi nghĩa của phong trào Cần Vương chống Pháp cuối thế kỷ XIX.

Xã Tán Thuật trong kháng chiến chống Pháp được công nhân "Làng kháng chiến kiểu mẫu", với 120 trận, 22 trận phục kích, 25 trận truy kích, 145 trận đánh địch vào làng, 230 trận đánh chống mìn, 6 trận đánh tập kích, 49 trận chống biệt kích, 69 trận phá tề trừ gian. Kết quả đã tiêu diệt 127 tên địch, làm bị thương 543 tên, bắt sống 137 tên, ra hàng 9 tên, thu 1 pháo 57 ly, 2 đại liên, 6 trung liên cùng nhiều vũ khí quân trang quân dụng các loại của địch.[5]

Trung đội du kích nữ xã Tán Thuật do Nguyễn Thị Chiên thành lập và chỉ huy là đơn vị chiến đấu tiên phong trong vùng. Nguyễn Thị Chiên được phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân nhân dân vào năm 1952, là nữ anh hùng đầu tiên của lực lượng vũ trang Việt Nam.[7][8][9]

Tháng 6 năm 1955, xã Tán Thuật chia thành hai xã Tán Thuật và An Bồi với địa giới như cũ.[5]

Ngày 8 tháng 6 năm 1988, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 102-HĐBT[1]. Theo đó, tách các xóm Tân Tiến và Quang Trung thuộc xã Tán Thuật để thành lập thị trấn Kiến Xương, thị trấn huyện lỵ huyện Kiến Xương.

Sau khi thành lập, thị trấn Kiến Xương có 109,72 ha diện tích tự nhiên và 4.649 người. Xã Tán Thuật còn lại 10 xóm: Chấn Đông, Đông Trung, Minh Đức, Giang Đông, Trung Giao, Trung Đồng, Tiền Tiến, Tự Tiến, Hưng Long và Văn Khôi với 538,40 ha diện tích tự nhiên và 4.277 người.

Ngày 12 tháng 4 năm 2002, Chính phủ ban hành Nghị định 45/2002/NĐ-CP[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của thị trấn Kiến Xương và xã Tán Thuật để thành lập thị trấn Thanh Nê.

Sau khi thành lập, thị trấn Thanh Nê có 681,54 ha diện tích tự nhiên và 11.500 người.

Đến năm 2019, thị trấn Thanh Nê có diện tích 6,95 km², dân số là 9.124 người, mật độ dân số đạt 1.313 người/km². Xã An Bồi có diện tích 4,31 km², dân số là 3.040 người, mật độ dân số đạt 705 người/km².

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 892/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thái Bình (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 3 năm 2020)[3]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã An Bồi vào thị trấn Thanh Nê để tái lập thị trấn Kiến Xương.